主人公江户川柯南的真实身份为高中生侦探工藤新一，人称“平成年代的福尔摩斯”、“日本警察的救世主”。他因为试图跟踪黑衣组织成员而被偷袭，并被灌下代号APTX-4869的毒药，虽然幸免于死，但身体就此缩小成一年级小学生的模样。之后寻求阿笠博士的帮助，在被青梅竹马的女友毛利兰询问其名字时，化名为江户川柯南。在阿笠博士的提议下，寄住于兰的父亲毛利小五郎家中，不仅解决着各种案件，并且秘密调查黑衣组织。
48~63卷是发生在意大利的黑帮冒险！住在意大利那不勒斯的乔鲁诺？乔巴纳在一次意外事件中结识了当地黑帮组织的一名成员布加拉提，正直善良的布加拉提让乔鲁诺心生敬意，同时，社区里的阴暗交易促使乔鲁诺决心加入黑帮组织。他有一个梦想，就是成为黑帮之星，净化街道！为此，布加拉提小队成员们经受着一次又一次战斗的考验，随着任务的进行，几位诚实的替身使者感受到了越来越深的恶意，谜一般的Boss似乎是这一切的开端。但是背叛组织就意味着会被全面追杀，他们要做出自己选择……
真城 是个随处可见的初中生，没有梦想也没有目标，每天只是随波逐流的度日。某日，他把画着喜欢的女生的笔记本落到了学校，急急忙忙地赶回教室，却发现笔记本被人抢先拿到了，那人名叫高木秋人。 高木秋人看到真城画女孩子的画技不错便提出合作去画漫画，真城并没有搭理高木。当天夜里，高木打电话叫真城出来，直接跑到真城喜欢的女生家门口。惊慌失措的真城下意识地向女生告白，那位女生居然同意了，原来她也喜欢真城。 两人约定等到真城画的漫画被动画化，那位女生来给作品的女主配音，当这个梦想实现以后，两人就会结婚。受此鼓励，真城决心跟高木组成组合挑战漫画。
