数马解开了犯罪嫌疑人从密室消失的奇怪事件;金太和小Q在火车上让犯罪嫌疑人不在现场的证明不攻自破;以小惠为首的美少女侦探三人组在电车上也和犯罪嫌疑人近距离接触……特别班的同学真是一刻也不得闲,靠着他们有条不紊的推理加上整个团队的精诚合作,一个个各式各样的谜题纷纷迎刃而解!
网上流传着女学生离奇失踪的传闻。为了确认它的真伪,侦探学园的校长团守彦任命小流和注惠潜入涩泽学院进行调查。不过这次杀人收集者所拍摄的新录像带的牺牲者竟是小惠!真正的天才天草流将挑战巧妙的不在场证明的陷阱……
为了实现“成为世界的侦探”的愿望,小Q报名参加了一所侦探训练学校的入学测验,这所学校名叫“侦探学园”。不过,想进侦探学园可不那么容易,必须参加各种测验,测验的内容就是要解开一宗又一宗扑朔迷离的悬疑推理案件。于是,小Q和瞬间记忆者小惠、野性男儿金太、IT天才数马、推理奇才天草流一起,解开了许多超难的谜题!