故事主角是一个名叫小智的男孩，今年刚满10岁，住在真新镇中，与母亲相依为命。原来在那里，任何人只要一满十岁，就可以获得小精灵使用权，并从大木博士手中领取一只小精灵。小智为了要成为的小精灵训练家，而必须踏上修行的旅程接受考验．不料出发的当天，小智却因睡懒觉而误了时间，比其它人晚了一步．好不容易从博士那里领来没有人要的皮卡丘，谁知皮卡丘却难以照料又特别固执。就在前往下一站常磐市的途中，他们遇上了麻烦！皮卡丘被野生小精灵突袭，危在旦夕……
怀着远大梦想，立志成为世界的神奇宝贝一训练师，来自真新镇的少年小智，现在正进行着修一行之旅。他和从大木博士那里得到的神奇宝贝皮卡丘，还有中途结识的少女小霞，以及目标是成为饲养口贝的小刚一行人浩浩荡荡地继续旅行。为了获得神奇宝贝联盟大赛的参赛资格，小智四处挑战各地的训练馆馆主。另外，每当遇见需要帮助的神奇宝贝或训练师时，他都无法置之不理。到目前为止，他不但唤醒了堵住河川呼呼大睡的卡比兽，也让非常弱小，完全无法在对战中获胜的派拉斯，进化成了派拉斯特。十分地活跃喔！虽然小智的修行之旅看起来非常顺利，但实际上，他最近碰到了难题——那就是小火龙进化成火恐龙之后，就完全不听小智的话了，这是不是代表他的修行还不够呢？为了今后不再被火恐龙轻视，加油啊！小智！
小智他们一行在进行环绕柑橘群岛旅行的同时，挑战柑橘群岛联盟的训导师。在小智依次战胜了四个神奇宝贝道馆的馆主之后^Ⅲ取终夺取了优胜者杯的奖杯。柑橘群岛神奇宝贝联盟的总教头佑下的快龙实力出类拔萃。但是，在六对六的团体赛中，小智的乘龙和肯泰罗奋力拼搏表现神勇，与快龙大战数个回合。最后，皮卡丘也出场力战，在大家的共同努力下，最终把号称大的快龙打翻在地。小智获得了柑橘群岛神奇联盟名誉训导师的称号，高兴得欢天喜地。与此同时，他们一行环绕柑橘群岛的旅行也渐渐接近了尾声。
神秘的蛋此时发出灿烂的光芒，玛纳霏终于诞生了！隐藏于王冠珍宝里的秘密是？而玛纳霏的神秘力量又是？杰奇和小智等人的任务究竟能不能圆满成功呢？！现在，准备朝向海之神殿-亚库夏，目睹这精采的冒险吧！
该漫画讲述的是神奇宝贝训练师小智在训练神奇宝贝的过程中，与恐怖分子“”展开了正义与邪恶的斗争，终于战胜了敌人的故事。引人入胜的漫画故事、丰富有趣的互动栏目，充满幻想的漫画小说，让你看不完！
