前情提要: 帝丹高中二年级的工藤新一侦破了无数棘手案件,是被誉为[日本警察的救世主]的高中生名侦探。 某天,新一如女朋友毛利兰约会时,碰到全身黑衣黑帽的可疑男子,因好奇心的驱使而跟踪他们。 然后,新一目睹了不明组织恐吓人的情景,对方为了杀人灭口,就把一种新发明的毒药灌进他的嘴里……结果,他的身体竟然变小了……
少年侦探团,在机缘巧合下和很受欢迎组合TWO-MIX的主唱高山美奈美一起吃饭,高山为找搭档永野椎菜,一人跑出了演唱会的会场。后来在餐厅外,歹徒当着柯南的面将高山推入车中绑架,他们要求少年侦探团拿着TWO-MIX近期新的歌曲练习带去交换人质,歹徒在电话里让少年侦探团把警察甩掉并让步美一人前去,于是柯南和步美调换身份。