小小名侦探江户川柯南，是因被迫喝下神秘组织的毒药而变成小孩的，其实就是对推理充满狂热的高中生侦探工藤新一。柯南隐藏真实的身份，暂时寄宿在父亲开设侦探事务所的女朋友毛利兰家中，并为了能恢复原样的而努力寻找神秘组织。但是，每当柯南找到他们的踪迹时，他们总是早先一步逃离现场。另一方面，托柯南之福而声名大噪的毛利小五郎，受到演员土方幸三郎的邀请，前往其住处拜访。
《名侦探柯南VS怪盗基德》是柯南与怪盗基德对决事件的漫画合集。在《名侦探柯南VS怪盗基德》中，以奇珍异宝为目标，屡次与警视厅作对，却备受年轻女孩子喜欢，胆大包天且神出鬼没的月下魔术师——怪盗基德登场！书中收录了柯南和少年侦探团在奇异屋大冒险中与怪盗基德的交锋，怪盗基德在与一心想要抓住他的铃木次郎吉对抗中展示了令人惊叹的瞬间移动魔术，在怪盗基德VS保险柜中，基德帮助铃木次郎吉救助爱犬展现了怪盗善良的一面……在这些对决事件中，尽显柯南与怪盗基德机智与策略的交锋！
