数马解开了犯罪嫌疑人从密室消失的奇怪事件；金太和小Q在火车上让犯罪嫌疑人不在现场的证明不攻自破；以小惠为首的美少女侦探三人组在电车上也和犯罪嫌疑人近距离接触……特别班的同学真是一刻也不得闲，靠着他们有条不紊的推理加上整个团队的精诚合作，一个个各式各样的谜题纷纷迎刃而解！
网上流传着女学生离奇失踪的传闻。为了确认它的真伪，侦探学园的校长团守彦任命小流和注惠潜入涩泽学院进行调查。不过这次杀人收集者所拍摄的新录像带的牺牲者竟是——小惠！真正的天才天草流将挑战巧妙的不在场证明的陷阱……
