《名侦探柯南1》中我是高中生侦探工藤新一，在与青梅竹马的同级生毛利兰去游乐场玩时，我目击了黑社会男子正在进行可疑的交易。因为我看的太入神，竟没有注意到后面有一个人靠近我。他给我为了毒药，当我醒来时……身体已经缩小了！如果被他们知道工藤新一还活着，我不仅会引来杀身之祸，甚至还会牵连身边的人受害。我得到了阿笠博士的援助，隐藏了真相，当小兰问起我的名字，我灵机一动改名为江户川柯南。为了获得他们的情报，我屈就于小兰父亲的侦探社。是的，这就是小兰的父亲，现在非常有名的侦探毛利小五郎。但是，他其实是个没用的侦探，是谁在解决问题，大家现在都知道了吧．虽然我现在还没有抓到他们，但案件不会等待我．即使身体变小了，我的头脑还是没有变．做名侦探是我永远的工作。真相永远只有一个！
小小的名侦探江户川柯南的真实身份是高中生名侦探工藤新一。借住在女朋友小兰家，也就是[毛利侦探事务所]里，一边追踪把自己身体变成小孩的黑衣组织，一边解决着无数的困难事件。 柯南为了调查黑衣组织的女子水无怜奈，特地把服部从大阪叫了过来。 两个人解决了寺庙里发生的怪事件后不久，服部就带着柯南去了无人岛参加日卖IT策划的[侦探甲子园]的节目。 那里集中了全国各地的高中生侦探，但是北部的高中生侦探时津被发现在密室里混身沾满了血迹死亡了……？！
