故事发生在一个拥有 炼金术 的世界中。炼金术，是一种将物质分解再构造的特殊能力。进行炼金术必须遵循 等价交换 法则，即为了获得某种东西，需要以同等的代价交换。 爱德华和他的弟弟阿尔冯斯十分思念亡故的母亲，为了再次见到母亲的微笑，他们兄弟二人触犯了炼金术中 的禁忌 研究人体炼成。可是因为炼成失败，爱德华失去了左脚和右手，而弟弟阿尔冯斯失去了自己的身体。从此，爱德华和阿尔冯斯为了取回他们所失去的一切，开始踏上找到 贤者之石 以恢复自己的身体的旅程。
