柯南他们少年侦探团受到邀请来到了米花市政大厦参加新型游戏机的面世发表会。这种游戏机的名字叫做[茧]，是日本的游戏机厂商和美国的大型企业辛多拉公司共同开发的。参加游戏者在蚕茧形状的游戏舱里进入睡眠状态，然后在虚拟世界里游戏，因此游戏机的名字被定名为[茧]。此次发表的 [茧]当中的虚拟世界一共分为五个舞台，都是以历史上的真实事件为原型的。宴会大厅里人头攒动，都在等待发表的那一瞬问。在众人的注目当中隆重登场的是此游戏的开发者辛多拉公司的社长托马斯·辛多拉。托马斯·辛多拉是IT产业界的巨擘，是在此领域拥有巨大权力的人物。 但是在此权力的阴影之下有一个少年牺牲者。少年的名字叫泽田弘树。 辛多拉将这位天才少年招致麾下，但不知道是否是因为过度工作，少年在研究中谜一般地自杀了……
小小的名侦探江户川柯南的真实身份是高中生名侦探工藤新一。借住在女朋友小兰家，也就是[毛利侦探事务所]里，一边追踪把自己身体变成小孩的黑衣组织，一边解决着无数的困难事件。 柯南为了调查黑衣组织的女子水无怜奈，特地把服部从大阪叫了过来。 两个人解决了寺庙里发生的怪事件后不久，服部就带着柯南去了无人岛参加日卖IT策划的[侦探甲子园]的节目。 那里集中了全国各地的高中生侦探，但是北部的高中生侦探时津被发现在密室里混身沾满了血迹死亡了……？！
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