小智与他的搭档皮卡丘以及他们的伙伴小霞、健次每天都精神百倍地继续着环绕柑橘群岛的旅程。 在这一阶段的旅行当中，对小智而言，的收获就是性格桀骜不驯的喷火龙终于开始听小智的命令了。这意味着小智作为一名神奇宝贝训导师的实力渐渐得到了喷火龙的认可。 随着喷火龙战斗力的恢复，小智在柑橘群岛挑战赛中越来越进入了状态。在柑橘群岛联赛最后的挑战赛——龙琴道馆的比赛中，皮卡丘与喷火龙组成的双人小组大获全胜。 接下来终于要在柑橘岛直接挑战总教头了。双方在竞赛中究竟会使用什么神奇宝贝出战呢，这可是值得期待的结果呀！
小智夺得了第四枚徽章，他们向着下一个目的地浅黄市进发。 旅途中，他们再次见到了神奇宝贝摄影师小透，决定一起去寻找传说中的神奇宝贝——急冻鸟。 小智一行前往白雪山，突然遭遇暴风雪，正要掉下悬崖的危急之际，被急冻鸟救出。急守护神。为了夺走急冻鸟，进行偷袭，但是，急冻鸟使出的招数“暴风雪”，把刮飞。小透终于拍摄到期望已久的急冻鸟照片。 小智他们和继续在雪山拍照的小透道别，继续上路……
故事主角是一个名叫小智的男孩，今年刚满10岁，住在真新镇中，与母亲相依为命。原来在那里，任何人只要一满十岁，就可以获得小精灵使用权，并从大木博士手中领取一只小精灵。小智为了要成为的小精灵训练家，而必须踏上修行的旅程接受考验．不料出发的当天，小智却因睡懒觉而误了时间，比其它人晚了一步．好不容易从博士那里领来没有人要的皮卡丘，谁知皮卡丘却难以照料又特别固执。就在前往下一站常磐市的途中，他们遇上了麻烦！皮卡丘被野生小精灵突袭，危在旦夕……
受大木博士之托，小智一行来到了柑橘群岛。当小智听说在柑橘群岛将举行神奇宝贝联赛的消息后，决定留下来参加挑战。于是，小智和他的伙伴小霞、神奇宝贝观察员健次，一起骑着乘龙继续着他们的环岛旅行。他们通过参加当地道馆的挑战，赢得了一枚樱花徽章和一枚白浪徽章。除此之外，小智还得到了一只新的神奇宝贝卡比兽，成为训导师的修行进行得很顺利。与天王阚娜小姐的相遇使小霞激动不已，小智也大有收获，通过阚娜小姐，他懂得了与神奇宝贝心心相印的交流是多么重要。
立志成为世界的神奇宝贝专家——小智，仍旧与皮卡丘一起继续修行之旅。小智在旅行途中遇见村正，他希望小智能与他的儿子——新吾来场神奇宝贝对战。而新吾却认为，胜败的结果只需根据电脑中的记录资料就可以明了。因此，深信记录资料的新吾，与相信神奇宝贝的小智展开了一场决斗。 新吾的巨钳螳螂，无论速度及攻击力都是一等一的神奇宝贝。为了对付它，小智选择防御力超强的赫拉克罗斯来迎战。 在这场激烈对战的最后阶段，小智与赫拉克罗斯这对搭档，因展现出超乎资料上的实力，最后取得胜利。 小智很高兴又出现了一位强劲的对手！而他也继续朝下一个城镇，继续他的旅程！！
小智夺得了第四枚徽章，他们向着下一个目的地浅黄市进发。 旅途中，他们再次见到了神奇宝贝摄影师小透，决定一起去寻找传说中的神奇宝贝——急冻鸟。 小智一行前往白雪山，突然遭遇暴风雪，正要掉下悬崖的危急之际，被急冻鸟救出。急守护神。为了夺走急冻鸟，进行偷袭，但是，急冻鸟使出的招数“暴风雪”，把刮飞。小透终于拍摄到期望已久的急冻鸟照片。 小智他们和继续在雪山拍照的小透道别，继续上路……
失败与挫折！在强大的力量面前倒下的小智还能再次振作起来吗？另一方面，回到诞生之岛的代欧奇希斯在坂木的手下将迎来完全觉醒的时刻！基因神奇宝贝——超梦了将参战，极限的攻防战现在即将开始！本书收录了动画版33集-36集的内容
失败与挫折！在强大的力量面前倒下的小智还能再次振作起来吗？另一方面，回到诞生之岛的代欧奇希斯在坂木的手下将迎来完全觉醒的时刻！基因神奇宝贝——超梦了将参战，极限的攻防战现在即将开始！本书收录了动画版33集-36集的内容
受大木博士之托，小智和他的小伙伴们来到了柑橘群岛。岱柑岛上的内木博士把一个未知的[GS神奇宝贝球]交给了小智，请他转交给大木博士。可是，当小智听说了有关柑橘群岛神奇宝贝联赛的消息之后，却突然决定改变行程，留下来参加挑战赛。 虽然得到了大木博士的同意，但正经工作却不得不暂时搁置下来了。在此过程中，神奇宝贝观察员健次和一只走失的小乘龙加入到了他们的行列，前往柑橘群岛的旅行终于开始了。 也许是因为柑橘群岛地处南方的缘故，所到之处看到的神奇宝贝与已往见过的有着全然不同的颜色，而且表现出了岛屿的特点，处处都有新发现！ 在纳柑岛，小智勇敢面对旅途中最初的挑战。通过神奇宝贝的技能较量，他得到了一枚樱花徽章。 初战告捷，一路顺风的小智在未来的行程中将要面对怎样的命运呢？
