《傅青主女科》内容包括“女科”和“产后编”两部分,以“女科”病症为主。“女科”分上下两卷,上卷以妇科病症为主,列带下、血崩、鬼胎、调经和种子五门。每门分若干病症,共三十八条,三十九症,四十一方。其中的“种子”门,反映了他对妇女繁衍后代的重视;下卷是产科部分,分妊娠、小产、难产、正产和产后五门,每门下亦分若干病症,共三十九条,四十一症,四十二方。“产后编”亦分上下两卷。包括产后总论、产前后方证宜忌及产后诸证治法三部分,共列四十三证,鳊末另有补集,增列产后大便不通、产后鸡爪风、遍体浮肿三症和保产无忧散、保产神效方。