受大木博士之托，小智和他的小伙伴们来到了柑橘群岛。岱柑岛上的内木博士把一个未知的[GS神奇宝贝球]交给了小智，请他转交给大木博士。可是，当小智听说了有关柑橘群岛神奇宝贝联赛的消息之后，却突然决定改变行程，留下来参加挑战赛。 虽然得到了大木博士的同意，但正经工作却不得不暂时搁置下来了。在此过程中，神奇宝贝观察员健次和一只走失的小乘龙加入到了他们的行列，前往柑橘群岛的旅行终于开始了。 也许是因为柑橘群岛地处南方的缘故，所到之处看到的神奇宝贝与已往见过的有着全然不同的颜色，而且表现出了岛屿的特点，处处都有新发现！ 在纳柑岛，小智勇敢面对旅途中最初的挑战。通过神奇宝贝的技能较量，他得到了一枚樱花徽章。 初战告捷，一路顺风的小智在未来的行程中将要面对怎样的命运呢？
