神奇宝贝是神奇宝贝世界中不可思议的生物。而我们可爱的皮卡丘已经成为受欢迎的卡通人物。今天，他们又要为小朋友们带来乐趣无穷的“神奇之旅”……
“我一定要成为*秀的神奇宝贝专家！”这是真新镇的少年小智，踏上修行之旅时的宣言。 他与一开始从大木博士的研究所得来的皮卡丘结伴而行。为了取得参加神奇宝贝联盟赛的资格，首先必须挑战各地的训练馆取得徽章。他在途中结识了小霞与小刚，成为伙伴一同踏上修行之旅。在接下来的旅途当中，相继增加了许多神奇宝贝同伴。 修行途中，遇见了许多神奇宝贝及各式各样的人物。后，终于取得了八枚徽章，有资格参加神奇宝贝联盟赛了！于是小智回到真新镇家中，为了两个月后所举办的联盟赛----石英大会，开始密集的独立训练课程。 可是，定性不够的小智，一下子到海边踏浪，一下子参加神奇宝贝电影拍摄，全都是一些与训练无关的活动----石英大会开赛的日子即将逼近，这下子也该收收心了吧！
