七年前，太宰治陪森鸥外上演了一出交接仪式，森鸥外就这样当上了港口Mafia的新老大。不久后，太宰治和被称为“羊 ”的重力操纵者——中原中也以 糟糕的方式相遇了。可是，为了查明突然传遍横滨的奇怪流言“荒霸吐”的真相，二人在无奈之下选择了联手。这两名被后人害怕地称为“双黑”的少年，他们的邂逅带来的究竟是希望，还是……2018年上映的剧场版第二周入场者特典的同名小册子经过润色修改，以完整版的形式登场！
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明日香驾驶的二号机和真嗣驾驶的初号机拼死对抗Seele和EVA系列。就在这时，此前飞出外太空的“朗基努斯之 ”正从月球高速返回地球，并停在了真嗣的初号机胸前，形成了伟大的“生命之树”形态。 另一方面，碇源堂因为体内的“亚当”苏醒，一心想与拥有“莉莉丝”意识的零融合，完成自己成为“神”的夙愿，但却遭到零的拒 。 终，零走向“莉莉丝”的躯体，并完成融合，使 形态的“莉莉丝” 终苏醒。“莉莉丝”与“生命之树”相互吸引，人类即将迎来第三次冲击。
