受大木博士之托,小智一行来到了柑橘群岛。当小智听说在柑橘群岛将举行神奇宝贝联赛的消息后,决定留下来参加挑战。 于是,小智和他的伙伴小霞、神奇宝贝观察员健次,一起骑着乘龙继续着他们的环岛旅行。他们通过参加当地道馆的挑战,赢得了一枚樱花徽章和一枚白浪徽章。除此之外,小智还得到了一只新的神奇宝贝卡比兽,成为训导师的修行进行得很顺利。 与天王阚娜小姐的相遇使小霞激动不已,小智也大有收获,通过阚娜小姐,他懂得了与神奇宝贝心心相印的交流是多么重要。
小智他们一行在进行环绕柑橘群岛旅行的同时,挑战柑橘群岛联盟的训导师。在小智依次战胜了四个神奇宝贝道馆的馆主之后^Ⅲ取终夺取了优胜者杯的奖杯。 柑橘群岛神奇宝贝联盟的总教头佑下的快龙实力出类拔萃。但是,在六对六的团体赛中,小智的乘龙和肯泰罗奋力拼搏表现神勇,与快龙大战数个回合。最后,皮卡丘也出场力战,在大家的共同努力下,最终把号称大的快龙打翻在地。 小智获得了柑橘群岛神奇联盟名誉训导师的称号,高兴得欢天喜地。与此同时,他们一行环绕柑橘群岛的旅行也渐渐接近了尾声。