少年侦探团，在机缘巧合下和很受欢迎组合TWO-MIX的主唱高山美奈美一起吃饭，高山为找搭档永野椎菜，一人跑出了演唱会的会场。后来在餐厅外，歹徒当着柯南的面将高山推入车中绑架，他们要求少年侦探团拿着TWO-MIX近期新的歌曲练习带去交换人质，歹徒在电话里让少年侦探团把警察甩掉并让步美一人前去，于是柯南和步美调换身份。
前情提要： 帝丹高中二年级的工藤新一侦破了无数棘手案件，是被誉为[日本警察的救世主]的高中生名侦探。 某天，新一如女朋友毛利兰约会时，碰到全身黑衣黑帽的可疑男子，因好奇心的驱使而跟踪他们。 然后，新一目睹了不明组织恐吓人的情景，对方为了杀人灭口，就把一种新发明的毒药灌进他的嘴里……结果，他的身体竟然变小了……
柯南他们少年侦探团受到邀请来到了米花市政大厦参加新型游戏机的面世发表会。这种游戏机的名字叫做[茧]，是日本的游戏机厂商和美国的大型企业辛多拉公司共同开发的。参加游戏者在蚕茧形状的游戏舱里进入睡眠状态，然后在虚拟世界里游戏，因此游戏机的名字被定名为[茧]。此次发表的 [茧]当中的虚拟世界一共分为五个舞台，都是以历史上的真实事件为原型的。宴会大厅里人头攒动，都在等待发表的那一瞬问。在众人的注目当中隆重登场的是此游戏的开发者辛多拉公司的社长托马斯·辛多拉。托马斯·辛多拉是IT产业界的巨擘，是在此领域拥有巨大权力的人物。 但是在此权力的阴影之下有一个少年牺牲者。少年的名字叫泽田弘树。 辛多拉将这位天才少年招致麾下，但不知道是否是因为过度工作，少年在研究中谜一般地自杀了……
