在極為混亂低迷的21世紀的社會中，小金剛持續不斷地與邪惡戰鬥著！這次在「機械人炸彈」事件裡，為了阻止暴亂中的機械人不再任意破壞人們的生活，小金剛奪勇與之對抗，結果造成自己本身不少的損害。御茶水博士想盡辦法要恢復小金剛的功能，只是對方一點也不善罷甘休，在小金剛未順利回復前又再度來犯，情況危急了....。
1936年8月，柏林奧運正熱烈的展開中。就在留名史上的美日跳高選手決勝的同時，柏林大學附近的宿舍裡，有一個日本留學生被人暗殺了。其被殺的原因，是他握有著下令屠殺猶太人的希特勒的出生秘密。而這「祕密」也悄悄地傳到了日本....。
世上真是無奇不有。一個小學生身上無緣無故地長出樹芽般的東西，剛開始時只是肩上有而已，而且隨手一拔就能拂掉，但愈到後情況愈發不可收拾，一點一點的樹芽漸漸蔓延到小男孩身上的其他部位。小男孩的哥哥看不過去，趕緊請黑傑克過來看看自己的弟弟到底是得了什麼怪病。經黑傑克一番探究調查，結果令人意外，原來那樹芽竟是一種名叫仙人扇的仙人掌，可以是史上絕無僅有的寄生植物，就在黑傑克找出緣由之際，樹芽已佔據了小男孩全身....！
