故事主角是一个名叫小智的男孩，今年刚满10岁，住在真新镇中，与母亲相依为命。原来在那里，任何人只要一满十岁，就可以获得小精灵使用权，并从大木博士手中领取一只小精灵。小智为了要成为一流的小精灵训练家，而必须踏上修行的旅程接受考验．不料出发的当天，小智却因睡懒觉而误了时间，比其它人晚了一步．好不容易从博士那里领来没有人要的皮卡丘，谁知皮卡丘却难以照料又特别固执。就在前往下一站常磐市的途中，他们遇上了麻烦！皮卡丘被野生小精灵突袭，危在旦夕……
可爱的皮卡丘在2000年开始席卷全球，成为受欢迎的卡通人物。今天，他们再一次为小朋友们带来了乐趣无穷的“神奇之旅”。作者穴久保幸作用纯熟的画风、流畅的手法，让人感受到快乐的气氛，呈现出一个个触动心灵的故事。
对神奇宝贝抱有极大兴趣的少年——小智，以勇气、智慧以及一颗对神奇宝贝充满爱意的心为武器，朝着充满艰辛的冒险旅程迈进！ 本书为“神奇宝贝金银编”第13册，简单的线条，大众的画面，将内涵丰富的人生哲理寓于浅显的故事之中，将伴随你度过开心愉快的时光。
小智一心想成为世界一流的神奇宝贝高手。小智非常喜欢神奇宝贝，而且精力充沛，劲头很大。 受大木博士之托，小智他们一行来到了柑橘群岛。当小智发现在这里生活着许多以前从未见过的南方岛屿特有的神奇宝贝的时候，深感震惊。后来又听说在柑橘群岛上将举行神奇宝贝联赛的消息后，他决定留下来参加挑战。 于是，小智他们开始了环绕南方岛屿的旅行。与小智同行的是小霞和皮卡丘，后来，神奇宝贝观察员健次，还有一只迷路的乘龙也成为新的伙伴，相继加入了他们的行列。 小智他们在柑橘群岛神奇宝贝道馆的挑战赛进行的还算顺利。截至目前，已经赢得了两场挑战赛的胜利，得到了一枚樱花徽章和一枚白浪徽章。除此之外，小智他们还得到了一只新的神奇宝贝卡比兽，并在鬼斯和鬼斯通的帮助下，见到了古代神奇宝贝联赛的幻影。 小智他
立志成为世界的神奇宝贝专家——小智，仍旧与皮卡丘一起继续修行之旅。小智在旅行途中遇见村正，他希望小智能与他的儿子——新吾来场神奇宝贝对战。而新吾却认为，胜败的结果只需根据电脑中的记录资料就可以明了。因此，深信记录资料的新吾，与相信神奇宝贝的小智展开了一场决斗。 新吾的巨钳螳螂，无论速度及攻击力都是一等一的神奇宝贝。为了对付它，小智选择防御力超强的赫拉克罗斯来迎战。 在这场激烈对战的后阶段，小智与赫拉克罗斯这对搭档，因展现出超乎资料上的实力，后取得胜利。 小智很高兴又出现了一位强劲的对手！而他也继续朝下一个城镇，继续他的旅程！！
小智他们一行在进行环绕柑橘群岛旅行的同时，挑战柑橘群岛联盟的训导师。在小智依次战胜了四个神奇宝贝道馆的馆主之后^Ⅲ取终夺取了优胜者杯的奖杯。 柑橘群岛神奇宝贝联盟的总教头佑二手下的快龙实力出类拔萃。但是，在六对六的团体赛中，小智的乘龙和肯泰罗奋力拼搏表现神勇，与快龙大战数个回合。后，皮卡丘也出场力战，在大家的共同努力下，终把号称强大的快龙打翻在地。 小智获得了柑橘群岛神奇联盟名誉训导师的称号，高兴得欢天喜地。与此同时，他们一行环绕柑橘群岛的旅行也渐渐接近了尾声。
立志成为世界的神奇宝贝专家——小智，仍旧与皮卡丘一起继续修行之旅。小智在桔梗练功场中，得到了枚徽章——飞行徽章。接着，来到野生喷火龙的栖息地——喷火龙山谷。在这里的野生喷火龙为了变得更强壮而集体修行。小智的喷火龙迫不及待地想和他们一较长短，结果却输得一塌糊涂。遭受严重打击的喷火龙在水里泡了一夜，发誓要让自己变得更厉害。后，喷火龙决定与小智分离，留在这里修行了！ 离别虽然很痛苦，但小智坚信，等喷火龙变得更厉害后，一定会有再见面的一天，所以他含着泪水，头也不回地朝下一个城镇奔跑而去！
神奇宝贝是神奇宝贝世界中不可思议的生物。而我们可爱的皮卡丘已经成为受欢迎的卡通人物。今天，他们又要为小朋友们带来乐趣无穷的“神奇之旅”……
小管一行为了参加城都联盟赛，长途跋涉，终于来到了天使市，这里有第四家体育馆！ 天使体育馆的馆长松叶是使用鬼斯通神奇宝贝的高手。松叶的一号选手是鬼斯。鬼斯速度快，使出厉害数，一出手便打败了皮卡丘。接着出场的火球鼠好不容易击败鬼斯，却负于松叶的二号神奇宝贝鬼斯通。但是，后出场的猫头夜鹰使出新的招数“念力”，大发神威，接连击败鬼斯通和三号耿鬼！小智大逆转取胜，赢得幽灵徽章。之后，小智一行继续上路，向着下一个目的地浅黄市进发。
受大木博士之托，小智一行来到了柑橘群岛。当小智听说在柑橘群岛将举行神奇宝贝联赛的消息后，决定留下来参加挑战。 于是，小智和他的伙伴小霞、神奇宝贝观察员健次，一起骑着乘龙继续着他们的环岛旅行。他们通过参加当地道馆的挑战，赢得了一枚樱花徽章和一枚白浪徽章。除此之外，小智还得到了一只新的神奇宝贝卡比兽，成为训导师的修行进行得很顺利。 与四大天王阚娜小姐的相遇使小霞激动不已，小智也大有收获，通过阚娜小姐，他懂得了与神奇宝贝心心相印的交流是多么重要。
