第五适任者——渚薰出现在沮丧的真嗣面前，但真嗣总觉得他给人的感觉和凌波零是一样的。使徒来袭，这次的使徒竟然对明日香进行精神攻击！虽然零使用“朗基努斯之 ”消灭了使徒，但明日香的心灵已经崩溃……
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面对冷漠的父子态度，美里提出要与真嗣同住的要求，并且对真嗣作战的成绩表示赞赏，但真嗣希望这话是出自另一人之口……在没有受过特殊训练的情况下，真嗣与EVA达成同步并和使徒作战。因为真嗣不熟悉操作，也无实战经验，在遭到使徒的攻击后，为保护同学，冒险作出了一个决定……
掌控着整条花街的花魁之鬼堕姬，在与腰带重新融合后战斗力暴增，她疯狂地向炭治郎奔袭而来！！ 炭治郎以“火之神神乐”应战，但体力却迅速透支！随后祢豆子与宇髓代替炭治郎继续与堕姬对战，然而一行人与上弦之鬼堕姬的战斗，却突然开始朝着意想不到的方向发展？！
由半天狗本体分裂出的喜、怒、哀、乐四只鬼合而为一，化身憎鬼向炭治郎袭来！一句“欺凌弱小”，让陷于苦战之中的炭治郎怒不可遏！而另一边，霞柱时透也在战斗中寻回了自己曾经的记忆，并与玉壶展开对决。恢复记忆的时透身上，会发生什么样的变化呢？
在开往北海道的卧铺快车“北斗星”上竟然发生了命案…… 凶手是从疾驰在隧道中的列车上破窗而逃的吗？ 奇怪的是，这件案子竟然和我老爸工藤优作写的小说情节一模一样？！
南瓜同学感冒了没去学校。午餐时，本应发给南瓜同学的布丁成为大家抢夺的目标。洋葱头、青椒、牛蒡都来争抢，可布丁只有一个。这时，一向默不作声的小蚕豆竟然站出来，主动提出把布丁给南瓜送去……
EVA三号机被送到NERV本部，而它的测试驾驶员——第四适任者决定由真嗣的朋友铃原冬二来担任，而条件是治疗他妹妹的病。但是，在启动试验开始时却出现了状况，真嗣他们被命令紧急出动，然而攻击的目标竟然是冬二的三号机！
绫波丽是EVA零号机的专属驾驶员。她在真嗣调来第三新东京市的三周前的零号机启动实验中，因事故受伤。在学校，她无口无心无表情的性格使得没有人与她交往。但真嗣却见到她微笑着与自己父亲交谈，于是对丽产生了兴趣。第五使徒袭来，刚被发射出的初号机就遭到了高热加粒子 的攻击……
