受大木博士之托，小智一行来到了柑橘群岛。当小智听说在柑橘群岛将举行神奇宝贝联赛的消息后，决定留下来参加挑战。 于是，小智和他的伙伴小霞、神奇宝贝观察员健次，一起骑着乘龙继续着他们的环岛旅行。他们通过参加当地道馆的挑战，赢得了一枚樱花徽章和一枚白浪徽章。除此之外，小智还得到了一只新的神奇宝贝卡比兽，成为训导师的修行进行得很顺利。 与天王阚娜小姐的相遇使小霞激动不已，小智也大有收获，通过阚娜小姐，他懂得了与神奇宝贝心心相印的交流是多么重要。
