在極為混亂低迷的21世紀的社會中，小金剛持續不斷地與邪惡戰鬥著！這次在「機械人炸彈」事件裡，為了阻止暴亂中的機械人不再任意破壞人們的生活，小金剛奪勇與之對抗，結果造成自己本身不少的損害。御茶水博士想盡辦法要恢復小金剛的功能，只是對方一點也不善罷甘休，在小金剛未順利回復前又再度來犯，情況危急了....。
世上真是無奇不有。一個小學生身上無緣無故地長出樹芽般的東西，剛開始時只是肩上有而已，而且隨手一拔就能拂掉，但愈到後情況愈發不可收拾，一點一點的樹芽漸漸蔓延到小男孩身上的其他部位。小男孩的哥哥看不過去，趕緊請黑傑克過來看看自己的弟弟到底是得了什麼怪病。經黑傑克一番探究調查，結果令人意外，原來那樹芽竟是一種名叫仙人扇的仙人掌，可以是史上絕無僅有的寄生植物，就在黑傑克找出緣由之際，樹芽已佔據了小男孩全身....！
世上真是奇人不少。一位名叫金奇的外科醫生總是愛在動手術時放音樂來聽，還能準確又完美的完成治療，堪稱醫生之奇。終於，他來到日本做醫學示範，讓自負的黑傑克也大為讚賞。其實，金奇醫生在手術之中放音樂是其來有自的。他的祖國D國是個保守極端的國家，不准人民崇拜外國的東西，舉凡音樂、電影、文學等等都被禁止去擁有、欣賞，只准看本國的。偏偏金奇的生活中不能沒有音樂，所以他只好利用在密閉的手術房裡聽音樂了。然而事情終究曝光了，就在他將秘密通知黑傑克之際，D國特務竟到日本來抓他....！
