誰想得到好心的去報案，卻遭被誤認為肇事的禍首反遭手銬呢？偏偏黑傑克就是這麼倒楣。在濃霧中，一個男人突然出現在前方，他一發現後就緊急煞車下去查看那倒臥的男人，然而對方已氣絕身亡。報案的結果是被警方列為*嫌犯。不過由於罪證並不確鑿，警方不敢將他移送法辦。為了洗刷自己的嫌疑，黑傑克要求親自解剖死者的屍體，果然有了重大的發現....。
黑傑克高超的外科手術技巧，連外國人也仰慕，這次就有位非洲人期盼黑傑克能為一隻遠渡重洋來日本的珍貴小白獅看診。小白獅患了原因不明的疾病，由於之前請來的獸醫都查不出原因，才會請他看看的。做了一次診療並無發現病狀，黑傑克遂要求帶小白獅回家觀察一晚，終於明白箇中原因....。
在極為混亂低迷的21世紀的社會中，小金剛持續不斷地與邪惡戰鬥著！這次在「機械人炸彈」事件裡，為了阻止暴亂中的機械人不再任意破壞人們的生活，小金剛奪勇與之對抗，結果造成自己本身不少的損害。御茶水博士想盡辦法要恢復小金剛的功能，只是對方一點也不善罷甘休，在小金剛未順利回復前又再度來犯，情況危急了....。
世上真是無奇不有。一個小學生身上無緣無故地長出樹芽般的東西，剛開始時只是肩上有而已，而且隨手一拔就能拂掉，但愈到後情況愈發不可收拾，一點一點的樹芽漸漸蔓延到小男孩身上的其他部位。小男孩的哥哥看不過去，趕緊請黑傑克過來看看自己的弟弟到底是得了什麼怪病。經黑傑克一番探究調查，結果令人意外，原來那樹芽竟是一種名叫仙人扇的仙人掌，可以是史上絕無僅有的寄生植物，就在黑傑克找出緣由之際，樹芽已佔據了小男孩全身....！
中學時代，一心只想復仇的BJ被班上一個愛笑的同學糾纏上，因為那位同學認為笑容是人生幸福的事。看到BJ都沒有笑容，所以他老是跟在BJ身邊，想要教他怎麼笑，於是兩人漸漸為朋友。某一天，那位同學被人家刺傷，從此無法笑出來。學醫成功的BJ後來找到他，並將他的病治癒。然而，他因二度感染，後大笑而死....。
出現了另一個和黑傑克一樣的密醫，一樣的收取高額費用，所不同的是黑傑克是為了救人活命，被稱為「死神化身」的奇利柯則是讓人安樂死。兩人這次的對決，原本黑傑克成功阻止了他，救活了人，哪知兩人再次見面時，卻傳來了厄耗....。
BJ再次準備要做畸形囊腫的手術，沒想到在手術之前，那個患畸形囊腫的少年，竟出現在皮諾可的夢中，他希望皮諾可能救救他，說服BJ不要拿掉他的畸形囊腫。受不了皮諾可的請求，BJ盡*的力量，想將他救活，做成如皮諾可般的人造人活下去。然而事與願違，少年還是死了....。
世上真是奇人不少。一位名叫金奇的外科醫生總是愛在動手術時放音樂來聽，還能準確又完美的完成治療，堪稱醫生之奇。終於，他來到日本做醫學示範，讓自負的黑傑克也大為讚賞。其實，金奇醫生在手術之中放音樂是其來有自的。他的祖國D國是個保守極端的國家，不准人民崇拜外國的東西，舉凡音樂、電影、文學等等都被禁止去擁有、欣賞，只准看本國的。偏偏金奇的生活中不能沒有音樂，所以他只好利用在密閉的手術房裡聽音樂了。然而事情終究曝光了，就在他將秘密通知黑傑克之際，D國特務竟到日本來抓他....！
