《中华医学百科全书》按基础医学类、临床医学类、中医药学类、公共卫生类、军事与特种医学类、药学类的不同学科分卷出版。一学科辑成一卷或数卷。 《中华医学百科全书》基本结构单元为条目，主要供读者查检，亦可系统阅读。条目标题有些是一个词，例如“养生”；有些是词组，例如“精神养生”。 由于学科内容有交叉，会在不同卷设有少量同名条目。例如《中医养生学》《针灸学》都设有“皮肤针疗法”条目。其释文会根据不同学科的视角不同各有侧重。
