《黑太阳》的故事始于最后一艘“太空播种计划”飞船即将离开地球之际。这艘量子飞船将带着最后一群冒险家以波态的方式跨越广漠的宇宙星空，直到遇到足够大的引力使它恢复为正常的物态。人们原本想通过“太空播种计划”将文明的火种洒遍星宇，可是这一伟大计划的倡导者——太空播种组织，却已经被妄自尊大的赫尔曼·斯特克和他庸俗的助手欣奇弄得一塌糊涂。发射场外，一群环境保护主义者想方设法阻止飞船升空。他们卖通飞船的安检主管吉那斯·罗克，在飞船上安装了一枚炸弹。 然而，并不是所有人都想终止“太空播种计划”。卡洛斯·蒙德拉贡，一个年轻的墨西哥非法移民，计算机高手，怀着他的星际旅行之梦潜入飞船，成了一名偷渡者。斯特克和欣奇在飞船起飞的最后几分钟接管了飞船。飞船发射升空，罗克的炸弹也被拆除。不知过了多少时间，
