秦老业医50余年，著述颇丰。其著作涉及中医基础理论和临床多方面，颇多见解，尤其对《内经》进行了深入研究。临床方面，对温热病、肝病、血液病、心脏疾患、溃疡病等的治疗，颇多见解。为当代中医学术的发展作出了贡献。这些著作既继承前人余绪，又发掘古义，昭示后人；既有独出之理论见解，又有实践心得，为丰富中医学术宝库作出了贡献。
《种杏仙方内府药方药性分类》主要内容：《种杏仙方》、《内府药方》、《药性分类》三书，久藏故宫博物院，为皇室秘籍，后二种又为海内孤本，其珍贵自不待言。2000年，故宫博物院与海南出版社合作，影印出版了《故宫珍本丛刊》，其中包括中医善本古籍数十种，受到中医界学者及中医爱好者手普遍欢迎。为了方便各界读者，我们从中精选出知十一种，加以校勘整理，上三收即在其中。 《种杏仙方》虽非龚贤的代表作，但是却汇聚了他多年搜集的经验简便效方。在《自序》中，龚氏将这些以廉、便、验为特点的小型方剂归于 王道 这列，给予高度重视，作为一位享有盛誉的御医，这是十分可贵的。 《内府药方》精抄四卷，世无传本，其作亦不可考。此书分风痰、痰嗽、暑湿、燥火、脾胃、眼目、疮科、妇科、小儿、补益、泻泄、气滞、痰症、杂治等十五门
曹无极撰的《万育仙书》分上下两卷，上卷育儿，下卷养生。上卷首列观手面五指、望虎口三关、察面部五位气色诸项以辨病之深浅、症之顺逆。所举极详，仅三关指纹形色就有十六种之多，并将面部分为五个部位，一一与五脏对应，提出了既有理论，又有实践的诊断依据。下卷所论养生，虽多出自道家摄生之功法，但其摒弃了炼丹、神仙方术等虚妄之说，而注重气功、导引的治疗作用。治疾与养生相结合，药物与气功相结合的养生学特点。全卷图文并茂，形象生动，易学易记。所授功法、简便实用，有病却病，无病养寿。
芳村恂益撰的《二火辨妄》分三卷，卷一为“辨妄篇”，重在批判宋元以来诸子有关君相二火、三焦学说之乖误。卷二为“概圣篇”，汇纂《灵》《素》《难》中精辟之论，申经明旨。全书立论明确，考辨精详，虽为一家之言，但作为学术争鸣，亦值得借鉴。该书流传甚少，今根据中国中医科学院图书馆所藏日正德五年（1715年）锦山堂刻本影印出版，以供中医临证及理论工作者参考。
