秦老业医50余年，著述颇丰。其著作涉及中医基础理论和临床多方面，颇多见解，尤其对《内经》进行了深入研究。临床方面，对温热病、肝病、血液病、心脏疾患、溃疡病等的治疗，颇多见解。为当代中医学术的发展作出了贡献。这些著作既继承前人余绪，又发掘古义，昭示后人；既有独出之理论见解，又有实践心得，为丰富中医学术宝库作出了贡献。
芳村恂益撰的《二火辨妄》分三卷，卷一为“辨妄篇”，重在批判宋元以来诸子有关君相二火、三焦学说之乖误。卷二为“概圣篇”，汇纂《灵》《素》《难》中精辟之论，申经明旨。全书立论明确，考辨精详，虽为一家之言，但作为学术争鸣，亦值得借鉴。该书流传甚少，今根据中国中医科学院图书馆所藏日正德五年（1715年）锦山堂刻本影印出版，以供中医临证及理论工作者参考。
在浩瀚的中医古籍中，对湿热病证的论述堪称丰盈，尤其在古代名家医案中，有关湿热病证的医案不可胜计，其中蕴藏着大量诊治湿热病证的宝贵经验，很值得传承和弘扬。本书的内容是从古代名家众多医案中，选择典型湿热病证案例170余则，结合编者的学习心得和临床体会，精心予以评议，旨在阐发其精华，吸取其理法方药运用的经验，为当今医疗、教学和科研提供一部富有学术和应用价值的精品之作。其主要特点是中医特色鲜明，内容丰富多彩，学术研讨深透和切合临床实用，体现出继承与发扬并举，整理与提高结合的原则，有较高的出版价值。
