《营养功能成分应用指南》共有十一章，章为概述，描述了营养与功能性成分的分类、管理、评价方法和数据来源；第二至第十一章主要包括氨基酸、肽和蛋白质类（A），脂肪酸和磷脂类（B），碳水化合物类（C），维生素和矿物质类（D），有机酸类（E），生物碱和含氮、含硫化合物（F），类黄酮类（G），酚类（H），萜类（J）以及真菌、益生菌和藻类（K）等250余个化合物，描述了各个功能性成分在化学结构、理化性质、分析方法、生理功能作用、安全性评价、应用方法和剂量、各国政府许可状况等信息。
