C.E.（宇宙）71年，以“染血的情人节”为导火线而引发的地球联合军与扎夫特军之间的战争陷入胶着状态，双方相持不下，转眼间十一个月就要过去了。在中立国奥布的太空移民区赫利奥波利斯，一个名叫基拉·大基拉和他的朋友们一起被强迫登上了地球军的新造战舰“大天使”号，扎夫特军夺取了四架新型武器，双伺机对“大天使”号发起再次攻击，基拉不想参战，可是意识参够保护朋友的只有自己这个协调人，只好驾驶“闪击”再次出击，在战斗中，基拉与驾驶X-303“圣盾”参战的旧日挚友阿斯兰·萨拉不期而遇，二人都为彼此的境遇大为吃惊。在此期间，随着战斗的激化，赫利奥波利斯终于解体，驶向月球的“大天使”号被扎夫特军克尔泽部队紧紧追击，为了保护朋友们，基拉拼死奋战，没有理睬不了解自己心事的阿斯兰的召响。正地此时，“大天使”号突
由于引擎发生的故障，“大天使”号进入危险的残骸带。在那里，队员们看到发生“染血的情人节”事件的现场——尤其尼乌斯7的残骸。基拉在进行物资补充时，回收了一艘救一艇 。救生艇里坐着的是普兰特要人的女儿，阿斯兰的未婚妻拉克丝。以交还拉克丝作为条件，“大天使”号成克洋泽部队达成了临时停战的协议。阿斯兰劝说基拉到普兰特，但是基拉为了那些“要保护的人”而拒绝了他，二人的绝交已不可避免。此后“大天使” 号与地天联合军第八舰队会合。战斗中，“亲击被地球引力吸引，独自冲进大气圈。 后降落到非洲沙漠，在那里遇到了当地的抵抗组织，基拉在赫利奥波利斯见到少女卡尔特匪尔德……
