麦野茅人正在北海道函馆参加高中游学旅行，内向的他只能勉强迎合周围人参加集体活动。然而时间突然停止了。仿佛上帝按下了停止按钮一般，路人、汽车和鸟儿，一切都停了下来了。在这座只剩下寂静的城市里，茅人遇见了另外一个还能活动的少女，井熊光。在一片混乱中，茅人想起几天前去世的叔叔曾经说出的“琥珀的世界”这个关键词。茅人认定这是时间停止的关键，与光结伴而行，前往东京，找到时间停止的真相。
科学の究極の到達点、タイムマシン作りに挑む千空たち!! そのさなか、意外な人物による未来からの“伝言”が届く!! タイムマシン完成への希望が膨らむが、その背後には…!? 唯一無二の科学冒険記、奇跡の続編!!
