《北京大学医学远程教育系列教材：医学微生物学》内容包括绪论、细菌学、真菌学及病毒学基础知识，共34章（除绪论）。编排次序依然采用了传统的《医学微生物学》教材模式，即绪论、细菌学总论、细菌学各论（其中还包括了与细菌同属于原核细胞型微生物的放线菌、支原体、立克次体、衣原体、螺旋体的内容）、真菌学、病毒学总论、病毒学各论。没有采用当今许多《医学微生物学》教材新的编排方式的原因是为了与目前国家执业医师资格考试医学微生物学部分考试大纲的内容排序保持基本一致，有利于学生在参加国家执业医师资格考试时复习参考，可减少学生学习过程中存在的内容跳跃感。
